Gephi可视化网络的一个简单示例操作视频
对于生物网络（微生物关联网络、基因共表达网络等）的可视化，白鱼同学不是很推荐用R来做。尽管R在统计分析及作图方面功能强大，但是在网络图的可视化上，个人感觉比不上图形界面的软件操作。鼠标拖动点击多顺手啊，R里不断通过代码调整位置、赋值颜色属性等真心会疯掉……
文献中最常见到的网络可视化工具，肯定是Cytoscape没跑了。前文也演示过，当然只是展示了Cytoscape的很小一部分功能，后续有机会会再结合更多例子介绍Cytoscape的使用。
此外，Gephi在微生物关联网络中也是经常使用的，它的布局很有意思。类似地，本篇通过一个简单例子演示Gephi可视化网络的基本操作。
OS：为啥几乎所有用到Gephi的文献中，都对这种圆形布局情有独钟啊……
示例数据的百度盘链接（提取码，g94a）：
准备数据
网盘附件提供了一个属水平微生物关联网络的示例数据，通过微生物属的丰度的协同变化计算的相关性获得。
“network.edge_list.txt”是文件，记录了网络中存在较强关联程度的两两微生物属的名称（source和target），相关系数（correlation），权重（weigth，取了相关系数的绝对值）以及相关性的方向（cor，1为正相关，-1为负相关）。
“network.node_list.txt”是文件，ID是网络中各节点的名称，即参与网络互作的各微生物属的名称，其后的各列为这些微生物的界门纲目科等水平分类。
注：如果使用Gephi可视化网络，Gephi在读取边列表或节点列表时，有几列信息是必不可少的。边列表的source、target和weight简中是什么意思网络，节点列表的id列，在提供这几列信息的同时，还需将这些列命名为source、target、weight、id等。
Gephi的可视化操作示例
白鱼同学不喜欢对一软件各个板块的功能逐一介绍，介绍完大半天过去，还记不住啥。结合具体的例子直接演示操作多好使，在过程中顺便提及板块、按钮及操作细节部分，印象更为深刻。
Gephi的使用上手挺快的，至少比Cytoscape简单多了，当然一大原因是它有汉化版，其它特点还包括界面简洁。对于复杂功能的实现，也类似Cytoscape那样，存在很多插件可供下载使用。复杂的功能暂且不提简中是什么意思网络，接下来使用Gephi读取上述的网络文件，并进行可视化编辑。录制了一个“浓缩版”视频，大致涵括了文件读取、网络布局调整、节点和边尺寸、颜色、类型及标签调整、图片输出等过程。这些都是常见的操作，一套走下来也就掌握Gephi的基本使用了。或许哪天闲了，会再举一些Gephi的复杂功能用法。
注：视频没有声音，操作过程看鼠标点击的位置和字幕注解即可，还是很好理解的。
备注：bilibili视频链接：
友情链接
基础统计图（以R作图为主）
柱形图类：
箱线图类：
饼图类：
面积图类：
散点图类：
曲线图类：
雷达图类：
集合可视化：
圈图：
三元相图：
树形图：
相关图：
illustrator作图
illustrator作图教程2-乙烯信号转导通路图
网络分析
网络拓扑结构：
：
限时特惠：本站每日持续更新海量各大内部网赚创业教程，会员可以下载全站资源点击查看详情
站长微信：
相关文章
